Le lac Merlet inférieur est approvisionné par les eaux du lac Merlet supérieur qui atteint son plus haut niveau au printemps, avec la fonte des neiges, et s'abaisse ensuite progressivement jusqu'à la fin de l'été. Mais le niveau du lac Merlet subit des variations de niveau spectaculaires de 3 à 4 mètres chaque année. Une explication avancée serait une perte au milieu du chenal qui déverse l'eau du lac supérieur dans le lac inférieur : tant que le débit est suffisant, l'alimentation se fait normalement mais lorsque le débit baisse, en cours d'été, l'eau s'infiltre, n'atteignant plus le lac Merlet inférieur. Mais cette hypothèse n'explique pas à elle seule l'ampleur de la variation, déjà attestée lors de la cartographie du lac en août 1971. Il est donc probable qu'une partie des eaux du lac inférieur s'infiltre aussi dans le fond d'un de ses trois bassins, conduite ailleurs par un « émissaire sous-lacustre ». Les zones grises sombres qui bordent l'eau de part et d'autre sont donc recouvertes au printemps et en début d'été. À la période d'étiage, c'est-à-dire lorsque les eaux sont au plus bas, le lac se stabilise à 17 mètres de profondeur. Ce qui en fait un des lacs d'altitude les plus profonds dans le cœur du Parc national de la Vanoise. La société de pêche de Saint-Bon Tarentaise introduit des alevins d'ombles chevaliers chaque année depuis 2006, ainsi que des truites arc-en-ciel, après autorisation du Parc national de la Vanoise. Les deux lacs Merlet s'étendent et prennent leurs aises entre les différentes cimes, pelouses et rochers, au-dessus du plan de Pêtre, situé en contrebas sur les contreforts de l'Aiguille du Fruit. Sur la gauche de la photographie, une piste conduit au refuge des lacs : rétrocédé à la commune par le Parc, il est gardé l'été et laissé en libre accès l'hiver. (France Harvois, 2009)